Отдел археологии каменного века
Отдел археологии бронзового века
Отдел скифо-сарматской археологии
Отдел классической археологии
Отдел археологии эпохи Великого переселения народов и раннего Средневековья
Отдел средневековой археологии
Отдел археологии Московской Руси
Отдел теории и методики
Отдел сохранения археологического наследия
Лаборатория естественнонаучных методов в археологии
Группа по изучению археологии Кавказа
Центр подводного археологического наследия
Центр палеоискусства
Лаборатория контекстуальной антропологии
Лаборатория архитектурной археологии и междисциплинарного изучения архитектурных памятников