Сектор археологии Москвы образован (в составе Отдела славяно-русской археологии) в 1987 г. под руководством С.З. Чернова. В настоящее время Сектор возглавляет Л.А. Беляев.

Первоначально основными направлениями работ Сектора были изучение истории формирования города Москвы, ее районов и пригородов и натурные охранные исследования отдельных памятников (особенно в районе Китай-города, Занеглименья, Подмосковья). С течением времени Сектор стал понимать свою задачу гораздо шире, включив в нее фундаментальное исследование методами археологии всей культуры и истории не только Москвы, но и Руси Московского периода (XIV-XVII вв.), особенно керамики, архитектуры, церковной топографии, объектов прикладного искусства.

Особое значение с самого начала придается изучению исторических ландшафтов, развития структур сельского расселения в средневековье, истории раннего освоения территории среднего течения р. Москвы (начиная с каменного века). В настоящее время это направление дало новое ответвление в виде изучения экосистем и антропосистем Москвы и Подмосковья, над которой Сектор работает, вместе с другими академическими и университетскими структурами, по долгосрочной междисциплинарной программе изучения исторической географии. Общая культурно-историческая проблематика разрабатывается в контакте с зарубежными коллегами из университетов США, Англии, Германии и Италии.

В последние годы сотрудники Сектора участвуют в подготовке выпуска серии "Археологическая карта России", посвященного археологическим памятникам г. Москвы. Параллельно Сектор продолжает целенаправленные полевые исследования в городе и области; их важнейшими объектами в 1990-е гг. стали участки Красной площади (территория вокруг Иверских ворот, остатки Казанского собора и др.), площадка двора Старого Университета в Занеглименье, остатки дворца в Коломенском и др.

Сектор ведет активную публикационную деятельность, формируя соответствующий раздел в журнале "Российская археология", регулярно выпуская сборники ("Московская керамика: новые данные по хронологии"; серия "Культура средневековой Москвы" и др.), участвуя в фундаментальных коллективных трудах ("История Москвы" в 3-х томах и др.), издавая авторские монографии. В состав отдела входит группа арктической археологии.

Беляев Леонид Андреевич
Заведующий отделом археологии Московской Руси, доктор исторических наук, член-корреспондент РАН
Буров Владимир Андронович
Старший научный сотрудник отдела археологии Московской Руси, кандидат исторических наук
Глазунова Ольга Николаевна
Научный сотрудник отдела археологии Московской Руси, учёный секретарь отдела
Державин Виктор Леонидович
Старший научный сотрудник отдела археологии Московской Руси (группа арктической археологии), кандидат исторических наук
Ёлкина Ирина Игоревна
Научный сотрудник отдела археологии Московской Руси
Кренке Николай Александрович
Ведущий научный сотрудник отдела археологии Московской Руси, доктор исторических наук
Старков Вадим Федорович
Ведущий научный сотрудник отдела славяно-русской археологии (заведующий группой арктической археологии), доктор исторических наук
Чернов Сергей Заремович
Ведущий научный сотрудник отдела археологии Московской Руси, доктор исторических наук
Юшко Алевтина Алексеевна
Старший научный сотрудник отдела археологии Московской Руси, доктор исторических наук