Отдел каменного века является самым молодым в составе Института. Он был создан в 1992 г. сначала как сектор палеолита и мезолита, а в 1994 г. преобразован в отдел каменного века. Его руководителем является член-корр. РАН, д.и.н., проф. Х.А. Амирханов.

Деятельность отдела направлена на придание нового импульса в развитии данного научного направления, на создание профессиональной среды и психологической атмосферы, способствующей объединению в интересах науки вокруг отдела коллег из других научных учреждений.

Основная тематика научных разработок идет по двум основным направлениям: "Человек и природная среда в верхнем палеолите Русской равнины" и "Первоначальное освоение и начальные этапы культуры Северной Европы". Реализация первого направления осуществлялась в 1995-1997 гг. в рамках проекта "Восточный граветт" на Русской равнине". Не меньшую значимость имеют и другие темы. К ним можно отнести разработки теоретических аспектов палеолитического культурного слоя, каменного века Аравийского полуострова и неолита лесной зоны Восточной Европы.

В отделе работают ведущие специалисты в области мезолита Восточной Европы - д.и.н. Л.В. Кольцов и д.и.н. С.В. Ошибкина. Наряду с публикацией авторских монографий ими были организованы подготовка к печати и редактирование томов "Мезолит СССР" и "Неолит Северной Евразии" в многотомном издании "Археология СССР" ("Археология"). Наряду с учеными старшего поколения самостоятельные исследования в отделе ведут и молодые ученые. По большей части именно их усилиями ведутся активные экспедиционные работы на Волге, Оке, Днепре, Десне, Сухоне. Постоянно действуют Зарайская, Хотылёвская, Среднеокская и Верхневолжская экспедиции.

Сотрудниками отдела выполняется коллективная плановая тема «Классификация археологических источников и палеоисторические реконструкции по материалам памятников каменного века Европейской части России и Кавказа» (2014-2016 гг; рук. чл-корр. РАН Х.А. Амирханов).

10–16 сентября 2019 г. Конференция – полевой семинар: "Культурная география палеолита Восточно-Европейской равнины: от Восточного микока до Восточного эпиграветта".