Сектор античной археологии как специальное научное подразделение ИИМК был создан в 1944 г. по инициативе проф. В.Д. Блаватского, который стал его первым заведующим. В последующие годы сектором, а затем отделом классической археологии, руководили Н.И. Сокольский, И.Т. Кругликова,член-корр. РАН Г.А. Кошеленко. С 2007 года отдел классической археологии возглавляет д.и.н. В.Д. Кузнецов.

С момента образования сектора перед ним стояли две задачи: широкомасштабные полевые работы по изучению памятников античной цивилизации на северных берегах Черного моря и создание обобщающих исследований по различным аспектам и проблемам истории античного общества, античных государств данного региона и их связей с местным населением.

Сотрудники сектора проводили археологические раскопки в Херсонесе и на территории его хоры, в Пантикапее, в различных районах Восточного Крыма, в Фанагории, в Анапе, во многих районах Таманского полуострова, в окрестностях Новороссийска, в Танаисе. Особенно важны были работы Пантикапейской экспедиции в 1950-е гг., когда в течение нескольких лет сотрудники ряда научных учреждений страны в рамках единой экспедиции осуществляли исследование столицы Боспорского царства.

Тогда же началось исследование сельской территории на Таманском полуострове и в Крыму. Особо следует отметить подводные археологические исследования и внедрение современных научных методов в практику полевых работ - геологических и геофизических исследований, применение аэрофотосъемки.

Постепенно зона полевой деятельности расширялась. Начались работы в Средней Азии, а затем и в Афганистане, исследовались памятники эллинистической эпохи.

В настоящее время сотрудники отдела проводят полевые исследования в Фанагории, Танаисе, Горгипии, на ряде памятников Восточного Крыма, на Таманском полуострове, в Туркмении.

Особое внимание в последние годы уделяется исследованию следующих проблем: основные особенности греческой колонизации севера Причерноморского региона, составление детальных археологических карт ряда районов, изучение характера сельских поселений античного времени и их эволюции, исследование проблем перехода от античности к средневековью в Крыму, изучение амфорной тары.

Исследовательские работы сотрудников отдела ведутся в рамках коллективной плановой темы «Северное Причерноморье и Центральная Азия в античное и раннесредневековое время: материальная, духовная культура и этнические процессы» (2014-2016 гг.; рук. д.и.н. В.Д.Кузнецов). Тема направлена на изучение проблемы развития обществ и государств периферии античного мира от момента их становления до постепенной трансформации в новые политические и историко-культурные образования. География исследования охватывает территории Крымского и Таманского полуостровов, полуострова Абрау, Нижнего Подонья, ряда исторических областей Центральной Азии – Парфиена, Маргиана, Бактрия. Широкие хронологические рамки темы позволяют рассмотреть в развитии различные аспекты политической истории указанных регионов, их материальной и духовно культуры, происходившие здесь этнические процессы, взаимодействие различных этнокультурных общностей в конкретных исторических условиях, выявить черты преемственности и определить новации.

Публикационная деятельность сотрудников отдела очень активна: отдел выпускает периодическое издание "Проблемы истории, филологии, культуры" (совместно с Магнитогорским государственным университетом), "Боспорские древности", "Altertümer Phanagorias" (совместно с Семинаром по древней истории Геттингенского университа). При участии сотрудников отдела увидело свет трехтомное академическое издание "Античное наследие Кубани" (под ред. Г.М.Бонгард-Левина, В.Д.Кузнецова). В 2012 году была начата публикация серии "Фанагория. Материалы по истории и археологии Фанагории" (под ред. В.Д. Кузнецова).

Ежегодно в феврале в отделе проводятся круглые столы по самым актуальным темам античной археологии, на которые приглашаются специалисты из ведущих учебных и научных организаций России. Уже традицией стало проведение в октябре международного круглого стола "Античное наследие Кубани" ("The Ancient Heritage of Kuban"), первое заседание которого было связано с открытием Научно-культурного центра Фанагорийской экспедиции на месте раскопок античного памятника. Заседания отдела проводятся по вторникам c октября по июнь по адресу: Метро “Профсоюзная”, ул. Кржижановского, 14, корп. 2, каб 539-541 (мемориальный кабинет-библиотека им. В.Д.Блаватского). Начало в 14 часов. График заседаний отдела классической археологии 8 апреля 2014 Е.В. Захаров. Археологические исследования на территории поселения Гаркуша I (Патрей) в 2013 г.