С начала 2000-х гг. в составе Среднеазиатской экспедиции Института археологии РАН работают два отряда: Бактрийский и Парфянский. Создание самостоятельных отрядов расширило «сферу влияния» экспедиции, в поле зрения которой теперь оказались включены такие историко-культурные области как Бактрия и Парфиена. Бактрийский отряд под руководством Н.Д. Двуреченской проводит раскопки на юге Узбекистана (Кампыр-тепа, Узундара). Основное внимание уделяется изучению эллинистического периода в истории древней Бактрии. Парфянский отряд, возглавляемый В.Н. Пилипко, осуществляет систематические раскопки в династическом центре парфянских царей – Старой Нисе (Митридаткерт), а также на территории собственно города – современного городища Новая Ниса.


Старая Ниса. Общий вид

Парфянский отряд

С 2001 г. Институт археологии РАН активно участвует в изучении объектов историко-культурного заповедника «Ниса», ныне расположенного в пределах столицы Туркменистана. Раскопки проводятся как на Старой, так и на Новой Нисе.

Новая Ниса – это остатки былого административного и экономического центра одноименной области. Исследования в основном направлены на изучение её стратиграфии. Главный раскоп, расположенный в северо-восточной части города, доведён до глубины 10–12 м. Последовательно изучены отложения начиная с XVIII в. Сейчас исследуются отложения парфянского времени. В указанный период этот участок городища был занят древним некрополем. Обнаружены сильно повреждённые и большей частью грабленые массивные наземные гробницы. Находок немного, но они очень важны, т.к. культура коренных областей Парфии для нас до сих пор terra incognito. Из недавних находок можно отметить фрагменты терракотового рельефа с изображением боевого слона.

В Старой Нисе раскапываются слои исключительно парфянского времени. Исследуемый комплекс определяется как династический культовый центр царей Парфии. В XXI веке экспедиция занималась исследованием «Северо-Восточного сооружения», которое предположительно служило местом проведения многолюдных ритуальных трапез. Второй объект – Башенное сооружение. Это одно из наиболее величественных сооружений комплекса. Оно было двухэтажным, часть его обводных коридоров сохранила сводчатые перекрытия. В оформлении этого здания использовалась архитектурная терракота, настенная роспись, в том числе с сюжетными изображениями. Старая Ниса в настоящее время – основной источник знаний о культуре коренных областей Парфии.

Бактрийский отряд

С 2004 г. Институт археологии РАН возобновил свои исследования в регионе на территории Древней Бактрии (юг республики Узбекистан). Для этого была создан Бактрийский отряд Среднеазиатской экспедиции под общим руководством член-корр. РАН Г.А. Кошеленко
БО САЭ ИА РАН уже 14-ый сезон ведёт исследования на юге республики Узбекистан на ряде античных памятников, таких как крепости Кампыртепа, Узундара, поселение Гишттепа. Работы ведутся по договору с Институтом искусствознания Узбекской АН РУз совместно с Тохаристанской археологической экспедицией, возглавляемой академиком УзАН Э.В. Ртвеладзе. 
Последние шесть полевых сезонов работы отряда были сконцентрированы на изучении крепости Узундара. За это время была до конца вскрыта вся площадь цитадели (филактериона) крепости Узундара, что позволило впервые получить архитектурный план восточно-эллинистического фруриона. Его основу составляло Центральное здание (Скальный комплекс) с двумя объёмными подвалами. Вокруг него были расчищены площадки и дворы. К крепостным стенам изнутри по периметру примыкал ряд хозяйственных и жилых помещений (не менее 12). Фортификация подтреугольного в плане филактериона чрезвычайно мощная. Она включала, помимо крепостных стен, три угловые башни и два бастиона с выносными стенами. Крепостные стены на юго-западной стороне, обращённой к ущелью Узундара (в сторону предполагаемого противника) имели внутристенный коридор или галерею, разделённые перегородками на отдельные помещения различной планировки, в которые можно было попасть изнутри филактериона через три калитки. Общая мощность их составляла до 8,5 м. Хорошо сохранившийся участок этой стены, открытый в юго-западном углу, имеет высоту более 3,8 м, что не исключает возможность второго этажа. Здесь же в хорошо сохранившейся внешней крепостной стене были впервые обнаружены девять стрелковых бойниц, предназначенные для ведения подошвенного боя.
В процессе исследований было выделено три стратиграфических этапа в жизни крепости: 1- строительство и начало обживания крепости, датируемое монетами Антиоха I; 2 - период масштабной перепланировки и ремонтов времени Евтидема I; 3 - гибель крепости во время правления Евкратида. 
Полученный богатый археологический комплекс раннеэллинистического, селевкидского периода и времени Греко-Бактрийского царства позволяет восполнить существующую лакуну в истории материальной культуры эллинистической Бактрии и ответить на целый ряд важных исторических вопросов, таких как северная граница Бактрии и время включения региона в развитое денежное обращение.
Коллекция индивидуальных находок 2018 г. насчитывает более четырёхсот предметов. Значительную часть её представляют предметы вооружения. В первую очередь это железные наконечники стрел, дротиков и втоки. Массовыми были также находки каменных ядер для пращи и баллист. К числу уникальных можно отнести находку двух правых нащёчников от псевдо-аттических шлемов, обнаруженных во внутристенном помещении юго-западной крепостной стены. Нумизматический материал, происходивший преимущественно из стратиграфических слоёв различных помещений цитадели крепости, представлен 41 эллинистической монетой. К уникальным относятся: тетрадрахма Антиоха II, серебряная драхма Евтидема и дихалк царя Агафокла. Богатый керамический комплекс содержал массу археологически полных форм, в том числе, изготовленных в подражание ахемендским серебряным сосудам.


Старая Ниса. Башенное сооружение, южный портик. Реконструкция


Старая Ниса. Башенное сооружение, южный портик. Фрагменты терракотовых наборных капителей коринфского типа


Старая Ниса. Башенное сооружение. Фрагмент настенной росписи


Старая Ниса. Башенное сооружение. Фрагмент настенной росписи


Старая Ниса. Башенное сооружение. Фрагмент настенной росписи


Новая Ниса. Фрагмент средневековой чаши


Крепость Узундара, вид сверху


Крепость Узундара, цитадель


Крепость Узундара, цитадель


Находки из крепости Узундара


Бактрийский отряд, разведки. Стена с башней