С 2009 г. ИИМК РАН активно участвует в реализации крупнейшего инфраструктурного проекта по строительству через Саяны железнодорожной линии «Элегест-Кызыл-Курагино». Институт руководит проведением всех археологических исследований, связанных с этой эпохальной стройкой, которая должна связать Республику Тыва надёжной транспортной сетью с остальной территорией страны. В работах принимают участие десятки сотрудников ИИМК РАН в составе двух экспедиций: Саянской, действующей на территории Красноярского края, и Тувинской, проводящей исследования в Республике Тыва.
С начала реализации проекта выявлено 124 археологических памятника, которые могут быть частично или полностью уничтожены в процессе строительства. Ведутся планомерные работы по обеспечению их сохранности. В исключительных случаях проводятся археологические раскопки, позволяющие получить новые данные об историческом прошлом этого большого региона, и в первую очередь о функционировании древнейшего «Усинского тракта», связывающего долины Верхнего и Среднего Енисея. Первые свидетельства его использования относятся ещё к эпохе неолита и ранних этапов бронзового века.
На сегодняшний день ведущими специалистами ИИМК РАН проведены научные раскопки уже нескольких десятков археологических памятников – могильников и поселений. Вскрыты десятки тысяч квадратных метров их площадей. Получены обширные коллекции находок, в том числе, имеющих уникальный характер. Всего в рамках этого проекта планируется вскрытие почти 30 000 кв.м. на различных поселенческих памятниках и раскопки 223 курганов разных эпох.
Важнейшее значение для реализации этого научного проекта имеет постоянная поддержка Русского Географического Общества. Ежегодно в организованные РГО полевые лагеря приезжают сотни волонтеров из многих стран мира, которые своим ежедневным трудом оказывают неоценимую помощь научным отрядам экспедиций ИИМК РАН. Этот проект имеет огромное просветительское значение. Кроме полевой практики, сотрудники экспедиций читают волонтёрам разнообразные курсы лекций по истории и археологии.
